Die hier vorgestellte Unterart unterscheidet sich von der Typunterart durch die (nicht bei allen Pflanzen vorhandene) Neigung zu sprossen, die meist deutlicher ausgeprägten, beilförmigen, (mit Ausnahme von "G. hamatum") nicht abgerundeten Erhebungen unterhalb der Areolen, dünnere Dornen und das weiter nordöstlich gelegene Vorkommen, sowie von ssp. matoense durch die geringere Zahl an (eher etwas niedrigeren) Rippen, längere Dornen, den immer fehlenden Mitteldorn, die größere Blüte und das weiter westlich gelegene Verbreitungsgebiet. Allerdings sind die Unterschiede nur schwer in Worte zu fassen, da die Populationen, die G. Charles (2009) der ssp. megatae zurechnet, recht unterschiedlich sind und damit in jeweils anderen Merkmalen von den beiden anderen Unterarten abweichen. Tatsächlich ist die Berechtigung der hier vorgestellten Unterart umstritten. So erkennen E. F. Anderson (2005) und D. Hunt (2006) diese Unterart nicht an, sondern führen jene Populationen als Teil der (dann weiter gefassten) ssp. matoense (wobei E. F. Anderson (2005) "G. anisitsii ssp. holdii" zu Gymnocalycium anisitsii ssp. anisitsii stellt und "G. eytianum" als eigene Art behandelt). D. Metzing (2012) übernimmt hingegen (genau wie wir hier) die Klassifikation von G. Charles (2009), während V. Schädlich (in KuaS 2/2017) die Pflanzen gar als eigenständige Art ansieht.

Bezüglich der geographischen Verteilung fällt auf, dass zwischen den Vorkommen am Rio Parapeti und den im südöstl. Santa Cruz (Bolivien) bei El Tinto ("G. anisitsii ssp. holdii") und in der südl. Serrania de Santiago ("G. pseudomalacocarpus") gelegenen Populationen eine Verbreitungslücke von ca. 250km besteht. Eine ebenso große Lücke existiert zwischen den Vorkommen im Grenzgebiet von Bolivien und Paraguay und den Populationen bei Filadelfia (Paraguay). Dies lässt vermuten, dass es entweder weitere Populationen der hier vorgestellten Unterart in dieser nur schwer zugänglichen und daher bisher kaum erforschten Gegend zu entdecken gibt, oder dass es sich bei jenen disjunkten Populationen doch um eigene Unterarten (oder gar Arten?) handelt. So beschreiben H. Till + H. Amerhauser in zwei uns leider nicht vorliegenden Artikeln aus dem Jahr 2003 nicht nur die Population bei El Tinto als "G. anisitsii ssp. holdii", sondern stellen zudem "G. pseudomalacocarpus" als Varietät zu Gymnocalycium anisitsii (und nicht zu ihrem "G. damsii" (hier Gymnocalycium anisitsii ssp. damsii), was geographisch naheliegender gewesen wäre). Darüber hinaus gibt es einige Verwirrung um "G. eytianum". G. Charles (2009) nennt ihn zwar als Synonym des hier vorgestellten Gymnocalycium marsoneri ssp. megatae, jedoch äußert er dabei die Vermutung, dass Cardenas bei seiner Beschreibung im Jahr 1958 die Merkmale von zwei unterschiedlichen Gymnocalycien miteinander vermischt hat, und hält den Namen und die Beschreibung daher für wertlos. Leider liegt uns die Orginalbeschreibung nicht vor, sodass wir dazu keine Aussage treffen können. Allerdings verweisen auch A. Keßler (in KuaS 11/1981) und J. Pilbeam (1995) den Namen in die Synonymie der hier vorgestellten Unterart, wobei J. Pilbeam (1995) darauf hinweist, dass viele der sich unter diesem Namen in Umlauf befindlichen Pflanzen zu Gymnocalycium pflanzii gehören.

Der nächste Verwandte von Gymnocalycium marsoneri ssp. megatae ist, neben den beiden anderen Unterarten von Gymnocalycium marsoneri, wahrscheinlich Gymnocalycium anisitsii. Zudem erinnert das Ausbilden der Blüten an älteren Areolen bei "G. eytianum" und "G. hamatum" stark an Gymnocalycium schickendantzii. Alle drei Arten gehören zur Untergattung Muscosemineum. In Kultur ist die hier vorgestellte Unterart nicht allzu schwierig, wenn man beachtet, dass die Pflanzen zwar hell, jedoch eher absonnig stehen sollten. Dabei ist eine regelmäßige Wasserversorgung wichtig, jedoch sollte das Substrat gut durchlässig sein (auch rein mineralisch ist möglich). Zu kühle Temperaturen werden nur schlecht vertragen und sollten daher besser vermieden werden (so warnt V. Schädlich (in KuaS 2/2017) davor, während der Überwinterung die Temperatur für längere Zeit unter 8°C sinken zu lassen, da dann der Verlust der Wurzeln drohe). Aus Samen gezogene Jungpflanzen gelten zudem als etwas heikel (wobei V. Schädlich (in KuaS 2/2017) empfiehlt, Samen erst nach mindestens einem Jahr auszusäen, da die Samen sonst oft nicht keimen) und auch bei richtiger Pflege wächst die Art eher langsam. Die Bilder zeigen eine Pflanze aus unserer Sammlung, die wir als "Gymnocalycium tudae" erhielten (und bei der wir Zweifel daran haben, dass es sich dabei tatsächlich um "Gymnocalycium tudae" handelt). Sie trägt die Feldnummer L 371 (Guanacos-Cordillera, Santa Cruz).